A misa do peregrino celébrase no altar maior da catedral todos os días ás 12 horas. Durante os anos santos auméntase o número de misas do peregrino, por mor da grande afluencia de asistentes. Polo tanto, convén chegar con bastante antelación.

Ao comezo da misa, e como especial benvida aos fieis, lese unha listaxe dos peregrinos chegados a Santiago que pasaron pola Oficina do Peregrino nas últimas 24 horas. Nesta lectura menciónanse os puntos de comezo da súa peregrinación e as nacionalidades ou provincias de onde proveñen.

Un dos maiores símbolos da catedral é o botafumeiro, quizais o maior incensario do mundo, e pódese ver funcionando nas súas principais solemnidades, ademais de todos os venres do ano (agás o Venres Santo), durante a misa das 19.30 horas, como unha homenaxe da cidade de Santiago ao peregrino. Tamén funciona se hai peregrinacións que llo soliciten á catedral. O seu aroma posúe un significado simbólico vinculado coa oración e coa purificación espiritual: "Que suba á túa presenza a miña pregaria como unha ofrenda de incenso" (Salmo 141:2).

O botafumeiro pesa 53 kg e mide 1,50 m. Móvese desde a cúpula central da catedral, desde onde colga, mediante un complexo sistema de poleas, cara ás naves laterais. Son necesarios oito homes para desprazalo, os coñecidos como “tiraboleiros”. Está suspendido a unha altura de 20 metros e pode atinxir os 68 km/h.

A primeira referencia documental deste enorme incensario aparece nunha nota marxinal do século XIV do Códice Calixtino, onde se lle chama Turibulum magnum. Ao longo da historia houbo varios botafumeiros, malia que nas súas orixes o seu funcionamento non era tan perfecto como o é agora. Por exemplo, en 1610, o peregrino Diego de Guzmán escribe no seu diario que o incensario voaba “dando golpes nas bóvedas altas”. E noutras contadas ocasións chegou a soltarse das súas engrenaxes.